هدف: ارزیابی کارایی دو روش Zeta و (DGC) Density Gradient Centrifugation جهت جداسازی اسپرم با ساختار کروماتین طبیعی با استفاده از آکریدین اورانژ TUNEL (AO)، پراکندگی کروماتین اسپرم (Sperm Chromatin Dispersion; SCD) و کرومومایسین A3 و .(Chromomycin A3; CMA3) مواد و روش ها: این مطالعه بر روی 63 بیمار مراجعه کننده به مرکز باروری و ناباروری اصفهان صورت گرفت. آنالیز روتین مایع سمن طبق معیارهای WHO انجام شد. سپس نمونه سمن به سه بخش تقسیم گردید: کنترل، اسپرم های جداسازی شده به روش Zeta و اسپرم های جداسازی شده به روش .DGC سپس بر روی هر یک از گروه های مذکور، ارزیابی مورفولوژی اسپرم (رنگ آمیزی Diff Quick)، کمبود پروتامین (رنگ آمیزی (CMA3 و فراگمنتاسیونTUNEL, SCD) DNA و (AO انجام گرفت. نتایج با آزمون های آماری ضریب همبستگی و t test با استفاده از نرم افزار 5/SPSS-11 بررسی و تحلیل شدند.یافته ها: درصد اسپرم های با مورفولوژی غیرطبیعی، کمبود پروتامین و درصد فراگمنتاسیون DNA در دو گروه اسپرم های جداسازی شده به روش Zeta و DGC نسبت به گروه کنترل از لحاظ آماری کاهش معنی داری یافته است (005/p<0). به علاوه روش DGC در جداسازی اسپرم های با مورفولوژی طبیعی نسبت به روش Zeta بهتر عمل نموده است (005/p<0) در حالی که روش Zeta در جداسازی اسپرم های دارای فراگمنتاسیون DNA کمتر نسبت به روش DGC بهتر عمل نموده است (005/p<0).نتیجه گیری: هر دو روش Zeta و DGC به طور معنی داری قادر به جداسازی اسپرم های با مورفولوژی و ساختار کروماتین طبیعی می باشد. بنابراین پیشنهاد می گردد از هر دو روش DGC و Zeta برای جداسازی اسپرم های طبیعی استفاده شود.